Systemy waskularne korzeni głównych i bocznych wyodrębniają się niezależnie od siebie, a wzajemne ich powiązanie następuje dopiero później poprzez znajdujące się między nimi komórki. Odległość między strefą waskularną korzenia macierzystego i bocznego jest niewielka, gdyż ten ostatni powstaje z perycyklu. Z perycyklu pochodzą również komórki położone między systemami waskularnymi tych korzeni. Różnicują się one w elementy tra-chealne i sitowe w powiązaniu z analogicznymi elementami korzeni głównego i bocznego (rys. 17.13B,C). Kierunek tego różnicowania nie jest jeszcze dostatecznie zbadany, tzn. nie wyjaśniono, czy najpierw dojrzewają elementy floemu i ksylemu znajdujące się najbliżej tkanek waskularnych korzenia głównego, a następnie komórki położone coraz dalej w kierunku korzenia bocznego (różnicowanie akropetalne; Torrey, 1951), czy też niektóre elementy dojrzewają już w korzeniu bocznym, zanim jego system waskularny zostanie powiązany w kierunku bazypetal-nym z systemem korzenia głównego (Thibault, 1946).
Powiązanie korzeni bocznych z macierzystymi bywa różne i może być mniej lub więcej skomplikowane. W przypadku gdy u roślin nasiennych korzeń boczny jest diarćhiczny, dłuższa średnica jego płytki ksylemu (linia łącząca dwa bieguny ksylemu) ustawiona jest równolegle do podłużnej osi korzenia macierzystego i gdy jednocześnie taki korzeń boczny położony jest naprzeciw bieguna protoksylemu korzenia głównego, to dochodzi wtedy do najbardziej bezpośredniego powiązania między ksylemem obu korzeni. Dwa pasma floemu tego korzenia bocznego są połączone z dwoma biegunami floemu korzenia macierzystego. Jeżeli korzeń boczny tworzy się między biegunami floemu i ksylemu korzenia głównego, wtedy łączy się on z obu tymi biegunami. U roślin jednoli ściennych ksylem korzenia bocznego często powiązany jest z dwoma pasmami ksylemu korzenia głównego lub z większą ich liczbą {Monstera; Guttenberg, 1940). Ponadto może dochodzić do wzajemnego powiązania nie tylko z peryferycznymi pasmami ksylemu, ale również z późno dojrzewającymi naczyniami metaksylemu.
Jest to możliwe wskutek przekształcenia się w elementy trachealne komórek waskularnej parenchymy leżących między obwodowymi pasmami ksylemu a późno dojrzewającymi naczyniami metaksylemu (Rywosch, 1909). Takie zmiany mogą występować na znacznym obszarze obok nasady korzenia bocznego. Czasami więc korzeń boczny wywiera wyraźny, choć zlokalizowany, wpływ na budowę walca osiowego korzenia macierzystego (Fourcroy, 1942). U roślin mających przyrost wtórny tkanki wtórne korzeni głównego i bocznego różnicują się łącznie, a znajdujący się u nasady korzeni bocznych ksylem jest pogrążony w drewnie korzenia głównego. Badania eksperymentalne przeprowadzone nad inicjacją korzeni bocznych wykazują, że o powstawaniu merystemu tych korzeni decydują złożone czynniki (Torrey, 1959). Stwierdzono, że do inicjacji zawiązka korzenia bocznego konieczny jest dopływ substancji nie syntetyzowanych w samym korzeniu, ale najwyraźniej dostarczanych przez liścienie lub pędy.