W korzeniu brak jest wiązek waskularnych w sensie odrębnych jednostek składających się zarówno z floemu, jak i ksylemu, ale różnicują się w nim ułożone promieniście, naprzemianległe pasma floemu i ksylemu. Pasma ksylemu są odrębne lub połączone są ze sobą w środku w jeden ciągły system. U roślin nasiennych korzeń i łodyga mają przeciwne kierunki różnicowania się pierwotnego ksylemu w płaszczyźnie poprzecznej. Kierunek ten jest odśrodkowy w pędzie (ksylem endarchiczny), a dośrodkowy w korzeniu (ksylem egzar-chiczny). U niższych roślin naczyniowych (Psllopsida i Lycopsi-da) ksylem pierwotny jest egzarchiczny zarówno w korzeniu, jak i w łodydze, a u paproci - zazwyczaj mezarchiczny w łodydze. W korzeniu granice między systemami tkanek są dokładnie określone. Osiowy walec waskularny tworzy zwartą część centralną korzenia oddzieloną od kory pierwotnej endodermą i otoczony jest odrębnym pokładem tkanki niewaskularnej - perycyklem. W łodydze wyższych roślin naczyniowych.
Tkanki waskularne nie są ułożone w sposób zwarty; rzadko występuje wyspecjalizowana pod względem morfologicznym endoderma i zwykle między korą pierwotną a tkanką waskularną nie ma odmiennego obszaru, który można by określić jako perycykl. Różnica w sposobie rozgraniczenia tkanek w tych dwóch organach jest oczywista u tej samej rośliny i dlatego w miarę przesuwania się od korzenia w górę, granice między obszarami tkanek będą coraz mniej wyraźne przy zbliżaniu się do poziomu pędu. Między korzeniem a łodygą występują pewne różnice w pierwotnym wzroście. Korzeń ma krótszą strefę elongacji niż pęd oraz wyraźniejszą granicę między obszarem merystematycznym składającym się z małych aktywnie dzielących się komórek, a strefą wydłużania zawierającą duże rozrastające się komórki (Sin-nott i Bloch, 1941). Niewielkiemu wydłużaniu się korzenia towarzyszy często brak rozciągliwych typów elementów protoksy-lemu (z pierścieniowatymi i spiralnymi ścianami wtórnymi), podczas gdy w pędzie elementy te występują powszechnie.
W strukturze pierwotnego ciała korzenia i pędu są zasadnicze różnice, występujące nawet w merystemach, natomiast ciało wtórne tych dwóch organów jest znacznie bardziej do siebie podobne - zarówno pod względem pochodzenia, jak i struktury - występujące zaś różnice mają raczej charakter ilościowy niż jakościowy (tabl. 28). We wtórnych tkankach waskułarnych stosunek żywych komórek do martwych jest zwykle większy w korzeniu niż w łodydze (Riedl, 1937). Wydaje się, że różnica ta jest związana z różnymi środowiskami, w których rozwijają się korzeń i łodyga, ponieważ w budowie tkanek wtórnych łodygi podziemne (kłącza) wykazują więcej podobieństw do korzeni niż do łodyg. Ponadto poprzez zamianę środowisk, tzn. przez umieszczenie korzenia w powietrzu i przez zakopanie łodygi w ziemi można doprowadzić do tego, że zarówno w korzeniu, jak i w łodydze wytworzą się tkanki podobne do tkanek drugiego organu (Bannan, 1934; Beakbane, 1941; Miyawaki, 1957). Na ilościowy charakter.