Zarówno u nagonasien-nych. jak i u okrytonasiennych najczęściej powstają one w perycyklu, a następnie przebijają się przez korę korzenia macierzystego (tabl. 15B). U niższych roślin naczyniowych korzenie boczne powszechnie tworzą się w endodermie, ale od tej reguły możliwe są wyjątki (Ogura, 1938). U okrytonasiennych w czasie inicjacji korzenia bocznego grupa komórek perycyklu dzieli się peryklinalnie i antyklinalnie (rys. 17.12A,B), co prowadzi ostatecznie do powstania uwypuklenia, stanowiącego zawiązek korzenia bocznego (rys. 17.12C). Rozrastający się zawiązek stopniowo przerasta poprzez korę (tabl. 15B). W zawiązku korzenia bocznego przed pojawieniem się go na powierzchni korzenia macierzystego zostają wyodrębnione: mery-stem wierzchołkowy, czapeczka oraz obszary tkanek pierwotnych w osi młodego korzenia (rys. 17.13.A). Merystem wierzchołkowy korzenia bocznego nie musi mieć od razu takiej samej organizacji jak merystem korzenia macierzystego, ale może ją osiągnąć w czasie swego dalszego wzrostu.
Istnieją dwa poglądy co do sposobu wzrostu korzenia bocznego w obrębie kory. Jedni badacze przypuszczają, że korzeń boczny w miarę swego wzrostu częściowo trawi tkanki kory; inni zaś sądzą, że jego przebijanie się ma charakter całkowicie mechaniczny (Guttenberg, 1940). Powszechnie jednak przyjmuje się, że rosnący korzeń boczny nie jest powiązany z tkankami, przez które przerasta. U wielu roślin endoderma korzenia macierzystego bierze udział w początkowych stadiach wzrostu korzenia bocznego (Janczewski 1874b). Czasami zachodzą w niej tylko podziały antyklinalne i wtedy endoderma tworzy pojedynczą warstwę komórek na powierzchni zawiązka korzenia bocznego (rys. 17.12 i 17.13). Niekiedy komórki jej dzielą się również peryklinalnie, tworząc dwie lub kilka warstw. Przed pojawieniem się korzenia bocznego na powierzchni korzenia macierzystego lub wkrótce potem, tkanka wytworzona z endodermy zamiera i ostatecznie odpada. Komórki powstałe z endodermy, czasami w połączeniu z pochodnymi innych warstw kory
Mogą utworzyć strukturą przypominającą czapeczkę i nazwaną kieszenią (Guttenberg, 1960). Kieszeń ta ma szczególnie duże wymiary u tych roślin wodnych, u których może w ogóle nie być czapeczki (Hydrocharis, Lemna, Eich-hornia). U Pistia epiderma powstaje z najbardziej wewnętrznej warstwy kieszeni. Udział endodermy w tworzeniu zawiązka korzenia bocznego jest wyraźnie uzależniony od odległości między merystemem wierzchołkowym a miejscem powstawania korzenia bocznego. Jeżeli korzenie boczne tworzą się dość daleko od me-rystemu wierzchołkowego, na poziomie, na którym są już dojrzałe niektóre elementy ksylemu, a endoderma zawiera pasemka Caspary'ego, to wtedy endoderma w ogóle nie bierze udziału W rozwoju zawiązka korzenia bocznego lub gra nieznaczną rolę. W przypadku, gdy nowy zawiązek korzenia powstaje w obszarze, w którym endoderma ma jeszcze cechy tkanki merystematy-cznej (Cucurbiłaceae, Papillónaceae, wiele roślin wodnych) endoderma może wytwarzać tkanki wchodzące w skład zawiązka korzenia (Berthon, 1943).